De geschiedenis van de Kloosterkerk begint rond 1400. In 1393 werd de grond waar de huidig kerk op is gebouwd door Graaf Albrecht van Beieren (graaf van Holland, Zeeland en Henegouwen) geschonken aan het Amsterdams St. Andriesklooster om er een klooster op te bouwen. Deze verkochten de grond echter in 1394 aan de heer van Arkel die er een stadskasteel op bouwde. In die tijd stonden er meerdere kastelen in deze omgeving. Tegen het einde van de veertiende eeuw waren deze echter alle afgebroken. In 1401 raakte de heer van Arkel conflict met Graaf Albrecht van Beieren. Deze laatste liet beslag leggen op alle goederen van de heer van Arkel, waaronder diens kasteel. Het werd met de grond gelijk gemaakt. De grond werd nu aan de Dominicaner monniken uit Utrecht geschonken, die er wel een klooster bouwden. De sterke band van Margaretha van Kleef, de vrouw van Graaf Albrecht van Beieren, met deze orde is belangrijk geweest voor de toewijzing. Zij is indertijd in de Kloosterkerk begraven.In 1420 werd het klooster getroffen door een grote brand. Dat het een groot gebouw is geweest moge blijken uit het feit dat de Staten van Holland er vele tientallen jaren hun documenten bewaarden. De kerk was in deze periode aanmerkelijk kleiner dan nu het geval is. Ongeveer 140 jaar na de bouw, omstreeks 1540, werd de kerk vergroot.
De kerk en het klooster werden tot het einde van de 16e eeuw intensief gebruikt. Met de komst van de reformatie braken er voor de monniken zware tijden aan. Tijdens de beeldenstorm van 25 augustus 1566 werd veel vernield en geplunderd en moesten de monniken de wijk nemen. Het klooster werd nog een paar jaar door een aantal monniken bewoond; in 1574 zijn de laatste vertrokken. De Geuzen hadden hun intrek genomen in de stad.
In 1576 werd het klooster door de Staten van Holland verhuurd aan de magistraat van Den Haag. Zij stelden het beschikbaar aan het St. Nicolaas Gasthuis, echter zonder afstand te doen van de eigendomsrechten. In 1583 werd het klooster voor het grootste deel gesloopt. Ongeveer 12 jaar stond de kerk leeg en raakte in verval. Er werd zelfs met de gedachte gespeeld de kerk te slopen, maar dankzij een brief van het stadsbestuur kwam het niet zo ver. In 1588 zocht een compagnie ruiters een onderkomen en kwam in de voormalige kerk terecht. De kerk werd een paardenstal. Maar het kon nog erger...in 1589 werden de kerk en het koor ingericht als geschutsgieterij voor de Staten van Holland en West-Friesland. Het koor werd gebruikt als gieterij, de kerk diende als opslagplaats voor munitie. Er werd een muur geplaatst tussen de kerk en het koor. De poort rechts van de kerk, die er nog steeds staat, gaf toegang tot de gieterij. Pas in 1665 werd aan de rand van Den Haag een nieuw "geschutshuis" gebouwd. Op 3 november 1690 vond een grote ontploffing plaats van munitie welke in de kerk lag opgeslagen. Slechts een muur van het klooster bleef overeind staan. Ook deze staat er nog en is opgenomen in de nieuwbouw van de Algemene Rekenkamer. Al in 1617 werd een deel van het gebouw weer als kerk gebruikt na een geslaagde kraak van de contra-remonstranten. In 1625 trouwt prins Frederik Hendrik in de Kloosterkerk met Amalia van Solms. Na zijn kroning tot koning van Engeland verscheen Prins Willem III in 1691 in de Kloosterkerk. Rond 1800, toen de Franse legers Den Haag binnenkwamen speelde zich iets totaal anders af binnen de kerkmuren: er werd een comité samengesteld ter vervanging van het stadhouderlijk gezin dat naar Engeland was vertrokken.
Vanaf de 17e eeuw werd er ook weer begraven in de kerk; het leverde de kerk geld op, evenals de talrijke wapenborden. De muren en de kolommen werden er goeddeels mee bedekt. Vooral het koor werd gebruikt voor de graven. Daar werden ook loden kisten opgegraven met gebalsemde lijken. Een daarvan is zeer waarschijnlijk de stichteres van het klooster, Margaretha van Kleef geweest.
De toen 16 jarige koningin Wilhelmina nam in 1896 voor de eerste maal deel aan het Avondmaal. De dag ervoor was ze op paleis Noordeinde bevestigd als lid van de Hervormde Kerk. Na de Tweede Wereldoorlog kende de kerk een nieuwe start. De Duinoordgemeente moest noodgedwongen op zoek naar een ander gebouw: hun kerk was op last van de Duitsers afgebroken. Herbouw bleek onmogelijk en de gemeente vestigde zich er definitief. Tussen 1952 en 1957 werd de kerk ingrijpend verbouwd en werd veel van het meubilair van de oude Duinoordkerk in de Kloosterkerk geplaatst: de prachtige kansel uit het einde van de 17e eeuw, de Avondmaalstafel en zelfs het grote mozaïek kregen zo een nieuwe bestemming. In 1957 werd de muur tussen de kerk en het vernieuwde koor verwijderd en werd de crypt gerestaureerd. Een nieuw orgel paste ook bij deze restauratie: in 1966 werd het door Marcussen ontworpen orgel in gebruik genomen.
Veel grafstenen en wapenborden zijn in de loop van de tijd uit de kerk verdwenen. Bij de laatste restauratie zijn sommige stenen in ere hersteld en zijn er nieuwe toegevoegd. In de kerk is een gedenkplaat aanwezig voor Jacob Cats. Deze markeert de plaats waar deze staatsman en dichter op 17 september 1660 is begraven. Ook Daniel Gabriel Fahrenheit (1686-1736) ligt in de Kloosterkerk begraven. Deze Pool werd wereldberoemd door zijn uitvinding van de kwikthermometer en de daarbij behorende schaal. Hij overleed in Den Haag. In 2002 werd een bronzen gedenkplaat onthuld door de Poolse ambassadeur.
Thans wordt de Kloosterkerk gebruikt door de actieve Protestantse Gemeente. Elke laatste zondag van de maand wordt er een cantatedienst gehouden met medewerking van het Residentie Bachorkest en het Residentie Kamerkoor of het Residentie Bachkoor. Solisten, koor en orkest staan onder leiding van Jos Vermunt. Elke eerste, derde en eventueel vijfde woensdag van de maand wordt er een pauzeconcert georganiseerd door de Stichting Kunstcentrum Kloosterkerk.
Zie ook de website van de Kloosterkerk: www.kloosterkerk.nl
La Cappellaccia Kerstconcert: Christien van 't Hof, sopraan; Stephanie Gericke, mezzosopraan; Felix van den Hombergh, tenor en Gerard Smits, bas; tevens LIVESTREAM
geen pauzeconcert!
Hoornensemble Capricorno o.l.v. Herman Jeurissen, Geerten van de Wetering, orgel; CD-presentatie